lunes, 25 de marzo de 2013

El diagnóstico genético hoy - DiarioMedico.com

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TRIBUNA

El diagnóstico genético hoy

La secuenciación masiva permite ahorrar en tiempo y costes en el estudio de las enfermedades con heterogeneidad genética. En muchas ocasiones puede cambiar el pronóstico y tratamiento de un individuo y su familia.
Javier Benítez. Grupo de Genética Humana, CNIO (Madrid). | 25/03/2013 00:00



La heterogeneidad genética ha sido y es uno de los principales problemas a la hora de realizar un diagnóstico genético. Pero ¿por qué? En una enfermedad monogénica se realiza el estudio del gen responsable utilizando la clásica herramienta de secuenciación por Sanger y, si el paciente realmente tiene la enfermedad que se sospecha, se encontrará una mutación en el gen que explique el fenotipo.

Por el contrario, en una enfermedad con heterogeneidad genética, en la que varios genes pueden dar lugar al mismo fenotipo, hay que estudiar todos los genes completos antes de confirmar o descartar la sospecha diagnóstica, lo que complica y encarece el proceso.

El estudio de un gen de tamaño medio puede representar un mes de trabajo en cualquier laboratorio de diagnóstico genético y un coste medio de entre 600 y 1.000 euros. Si son dos los genes que hay que analizar, el tiempo y el coste se incrementan pero todavía son admisibles; si son más genes, la tarea de dar un correcto diagnóstico se hace prácticamente imposible en el 99 por ciento de los casos.

¿Qué se está haciendo actualmente en los múltiples ejemplos de heterogeneidad genética en los que hay un número mayor de dos genes? Se analiza el gen o los dos genes que estén más frecuentemente mutados en esa enfermedad y que expliquen el mayor porcentaje de casos y el resto de los genes se dejan en espera de tiempos mejores. No tenemos infraestructura, ni personal, ni dinero para realizar, por ejemplo, un estudio genético completo en los 40 genes que pueden ser responsables de una sordera autosómica recesiva, o en los 10 genes que pueden provocar una osteogénesis imperfecta, o en los seis genes asociados a un Parkinson de aparición temprana, o a los 30 genes que pueden dar lugar a una miocardiopatía dilatada o los 13 genes que explican un síndrome QT largo, o los seis de un cáncer de colon no polipósico hereditario, y así en muchas otras patologías.


Secuenciación masiva
La secuenciación masiva ha venido a solventar este problema. No sólo permite analizar el genoma completo de un individuo o de un tumor, sino también estudiar las enfermedades con heterogeneidad genética. Gracias a esta tecnología es posible seleccionar, por ejemplo, los 30 genes asociados a una cardiomiopatía dilatada y en cuestión de pocos días secuenciarlos completamente para identificar qué gen está mutado en esa familia y poder realizar un asesoramiento genético adecuado.

El tiempo ya no es un problema; da prácticamente lo mismo secuenciar dos que 10 ó 30 genes a la vez. Además, el coste disminuye drásticamente, ya que no hay que gastarse 600 ó 1.000 euros en analizar un gen, y después otro tanto en analizar otro si no se ha encontrado mutación. El coste de este panel de genes (los 5, 10 ó 30 que se deben estudiar) es un coste cerrado y asequible, que oscila generalmente entre los 1.000 y los 2.500 euros. Gracias a los resultados que ofrece, en muchas ocasiones cambiará drásticamente el pronóstico del individuo, de la familia y también el tratamiento.


Bioinformática
Los paneles de genes son ya una realidad y se encuentran en disposición de ser utilizados. En Estados Unidos (Universidad de Harvard), Europa (Celgene) y aquí en España (Sistemas Genómicos) existen universidades y compañías que llevan un par de años trabajando con gran éxito en este campo. No sólo tienen excelentes diseños de paneles asociados a enfermedades genéticas variadas (neurodegenerativas, cáncer, sorderas, defectos del colágeno, muerte súbita, retraso mental, etc.), sino que paralelamente han desarrollado los pipelines de análisis bioinformático para detectar el gen y la mutación correspondiente.

El apoyo bioinformático es igual o más importante que un buen diseño del panel. Recientemente, las casas comerciales empiezan a vender pequeños paneles para enfermedades específicas y a incorporar programas que facilitan la interpretación de los datos generados, aunque en la mayor parte de los casos se necesita el apoyo de un bioinformático para que los resultados puedan ser bien y rápidamente interpretados.

Los paneles deben incorporarse a la práctica clínica porque suponen un gran ahorro en nuestra sanidad y, lo que es más importante, un avance muy significativo en el conocimiento, diagnóstico, prevención y tratamiento de las enfermedades raras en general.

Para que estos análisis sean más efectivos y coste-efectivos no se debe caer en lo que resulta tan habitual en nuestro país: atomizar los nuevos aparatos de secuenciación o de minisecuenciación masiva en múltiples centros. Si se consiguen centralizar estos estudios en media docena de centros públicos o empresas diagnósticas que puedan trabajar a unos precios razonables, el éxito está asegurado.

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