La secuenciación del exoma permite hallar nuevas variantes diana en mama

Javier Benítez, del CNIO.
Javier Benítez, del CNIO. (DM)

Diariomedico.com
ESPAÑA
SIN ANALIZAR TODO EL GENOMA
La secuenciación del exoma permite hallar nuevas variantes diana en mama
Un estudio español, que publica en su último número PLoS One, ha identificado nuevas variantes que podrían estar vinculadas con el cáncer de mama. Una nueva forma de entender la secuenciación, centrada en el análisis del exoma, permite este tipo de hallazgos, según ha explicado a Diario Médico Javier Benítez, del CNIO, autor del trabajo.

José A. Plaza - Miércoles, 31 de Marzo de 2010 - Actualizado a las 00:00h.

llave conceptual:
1. Las variantes, halladas gracias al estudio de segmentos de ADN que codifican para proteínas, se localizan en dos regiones de los cromosomas 3 y 6

Como alternativa al acercamiento clásico del estudio del gen candidato, investigadores españoles sugieren los beneficios de la secuenciación masiva para hallar nuevas regiones de susceptibilidad genética en cáncer.

En concreto, la secuenciación del exoma ha permitido a un equipo del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO), comandado por Javier Benítez, identificar nueve variantes genéticas candidatas de susceptibilidad en cáncer de mama. Este tipo de secuenciación, llevada a cabo en dos regiones de los cromosomas 3 y 6, ha permitido, tras un largo proceso de cribado, el hallazgo de nueve variantes. Están vinculadas, según se publica en el último número de PLoS One, a los genes AC, EVI1, SYNE1, Plekhg1, AKAP12, GRM1, NUP43, LRP11 y AL. Benítez ha explicado a Diario Médico que el análisis completo del genoma, como el que se realizó con Watson y Venter, "aún se encuentra en stand by por su alto coste y por la dificultad que supone analizar tal cantidad de datos".

Por ello, el director del Programa de Genética del Cáncer Humano en el CNIO sugiere secuenciar el exoma como alternativa.

El análisis de los exones, segmentos del ADN que codifican para proteínas, puede ser total o parcial. En este trabajo se ha optado por la segunda opción para llevar a cabo un estudio que tiene su base en una investigación previa; en 2008 se analizaron polimorfismos en 41 familias no-BRCA1/2, denominación que representa al 70 por ciento de casos de cáncer de mama, los no relacionado con mutaciones en BRCA1 y BRCA2. Esto permitió identificar regiones candidatas para el hallazgo de genes de susceptibilidad.

En la investigación ahora publicada, y gracias a la herramienta de secuenciación SOAP (Short Olygonucleotide Analysis Package), se han analizado más de cien genes situados en dos regiones cromosómicas con altas posibilidades de contener nuevos candidatos. Se trata, en concreto, de una región situada en 3q25, que se extiende a lo largo de 10,8 Mb y que contiene 69 genes ya conocidos, y de otra localizada en 6q24, que abarca 6,5 Mb y contiene 59 genes.

Criba bioinformática
Después de varias cribas, en las que el desarrollo de nuevas herramientas bioinformáticas por parte del grupo de Benítez ha sido básico, se ha determinado que un 6,25 por ciento de los SNP estudiados eran compartidos por los individuos participantes en el estudio y podían ser considerados como genes candidatos. Así se llegó a las citadas nueve variantes.

En el estudio también han participado Juan Manuel Rosa-Rosa y Francisco Javier Gracia-Aznárez, igualmente del CNIO, y Guillermo Pita, del Centro Nacional de Genotipado, además de investigadores estadounidenses del Instituto Howard Hugues, la Universidad de Texas, el Centro Oncológico Irving y la empresa Agilent Technologies.

UN PASO MÁS: ANÁLISIS TOTAL DE LOS EXONES

Benítez cree que, aunque este hallazgo supone un avance, es en el método utilizado donde reside la noticia: "Estas nueve variantes no están ligadas a deleciones, no demuestran una relación directa con el cáncer, aunque abren la puerta a estudios que puedan demostrar su implicación en la enfermedad".

El próximo paso de su equipo será pasar de la secuenciación parcial a un análisis total del exoma: "Hemos seleccionado diez familias con más de diez casos de cáncer en tres generaciones. El análisis exomal revelará, seguro, muchos genes ligados a la enfermedad".

Debido a la gran heterogeneidad del cáncer de mama, Benítez cree que cada uno de estos genes explicará algunos casos, "pero no un porcentaje alto de los tipos familiares".