El método de la PCR sólo discrimina las bacterias que son menos abundantes

Un equipo de investigadores que ha contado con la participación de especialistas del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) ha comprobado que la amplificación por la reacción en cadena de la polimerasa o PCR, el método más empleado actualmente para la detección de bacterias, discrimina las menos abundantes.

Redacción | 12/01/2012 00:00

El estudio, que se publica hoy en PLoS One, confirma que no es posible determinar la estructura de la enorme diversidad microbiana con los métodos actuales.

Conocer el sesgo introducido en la detección y cuantificación de secuencias amplificadas es clave cuando se usa la PCR

La reacción en cadena de la polimerasa se emplea como técnica molecular para amplificar o generar múltiples copias de los genes de ARN ribosomal de un microorganismo específico. "En este estudio hemos comprobado que la detección de bacterias es dependiente de la fracción que representan respecto al total de la comunidad microbiana", señala Juan Miguel González, del Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología, del CSIC, en Sevilla.

Los científicos, en colaboración con un equipo del Centro Superior de Investigación en Salud Pública de Valencia, han empleado para los experimentos sondas fluorescentes específicas y dos cebadores (una cadena de ácido nucleico como punto de partida para la replicación de ADN).

Tras amplificar cada tipo de bacteria simultáneamente en la misma reacción, el grupo de González ha observado que la eficiencia de amplificación para las abundantes era elevada, mientras que para las que representaban una fracción reducida era muy baja. "La diversidad microbiana, que es la base que sustenta la búsqueda de nuevos biocatalizadores y recursos para la explotación biotecnológica, es muy superior a lo que somos capaces de detectar actualmente. Conocer el riesgo de los sesgos introducidos en la detección y cuantificación de secuencias amplificadas es algo importante mientras se continúe utilizando la amplificación por PCR o hasta que pasemos a una tercera generación de métodos de secuenciación", señala González.
(PLoS One DOI: 10.1371 /journal.pone.0029973).

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