Un nuevo algoritmo para predecir el lenguaje dinámico de las proteínas
Un grupo de investigadores ha desarrollado el primer método computacional basado en principios evolutivos para predecir los cambios de forma que realizan las proteínas para llevar a cabo sus funciones.
El estudio se realizó gracias a la colaboración de investigadores del Grupo de Biología Computacional Estructural del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO)español y la Universidad College London.
Las proteínas son macromoléculas con un papel fundamental en miles de funciones celulares que se realizan en un organismo vivo. Están formadas por cadenas de pequeñas moléculas llamadas aminoácidos que se pliegan formando una estructura tridimensional. Su estructura no es estática; pasa por cambios que interaccionan con otros compuestos biológicos u otros fármacos. Este hecho se conoce como la dinámica de las proteínas.
La pregunta que se plantearon los científicos al inicio del estudio fue la siguiente: “¿Podemos utilizar estudios coevolutivos para predecir los cambios en la forma de las proteínas y, por consiguiente, el lenguaje que establecen con su entorno?”
“Hemos desarrollado un modelo en que los aminoácidos que tienen una fuerte relación coevolutiva se atraen entre sí sin ningún otro dato adicional”, afirma Simone Marsili, investigador del estudio. El nuevo método computacional incorpora información genómica y experimental a través de un análisis secuencial y una tecnología 3D. Además, demuestra que la información genómica puede ser una fuente de información útil para proporcionar las herramientas actuales utilizadas para estudiar la estructura y las dinámicas de las proteínas.
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