SPHERES

Secuenciación del SARS-CoV-2 para la respuesta a la emergencia de salud pública, epidemiología y vigilancia

Consorcio nacional de genómica abierta para la respuesta al COVID-19

Los CDC están liderando la secuenciación del SARS-CoV-2 para la respuesta a la emergencia de salud pública, epidemiología y vigilancia (SPHERES, por sus siglas en inglés), un nuevo consorcio nacional de genómica para coordinar la secuenciación del SARS-CoV-2 en todos los Estados Unidos. La rápida secuenciación genómica a gran escala del virus que causa el COVID-19 permitirá a los expertos de salud pública:

Monitorear cambios importantes en el virus mientras continúa circulando.
Obtener datos importantes para respaldar el rastreo de contactos.
Proporcionar información crucial para ayudar en la identificación de objetivos diagnósticos y terapéuticos.
Promover la investigación de salud pública en las áreas de dinámica de transmisión, respuesta del organismo hospedador y evolución del virus.

Con una amplia participación de laboratorios clínicos y de salud pública, instituciones académicas y el sector privado de los EE. UU., el consorcio SPHERES apunta a generar información acerca del virus para fortalecer las estrategias de mitigación del COVID-19.

Visión general de SPHERES

El consorcio SPHERES está siendo liderado por el programa de Detección Molecular Avanzada (AMD, por sus siglas en inglés) de los CDC, el cual durante los últimos seis años ha invertido en laboratorios de salud pública federales, estatales y locales para ampliar el uso de la genómica patógena y otras tecnologías avanzadas de laboratorio para fortalecer la vigilancia de las enfermedades infecciosas y la respuesta a posibles brotes. SPHERES apunta a:

Acelerar el uso de datos de secuencia de patógenos en tiempo real y epidemiología molecular para la respuesta a la pandemia del COVID-19.
Organizar y administrar las iniciativas de secuenciación y respuesta de la salud pública en todos los Estados Unidos.
Coordinar y respaldar la secuenciación en laboratorios de salud pública estatales y locales de todo el país.
Fomentar la participación de laboratorios clínicos, académicos y comerciales estadounidenses que estén secuenciado —o planeen secuenciar— datos sobre el SARS-CoV-2 a cualquier escala.
Mejorar la comunicación y el intercambio de conocimientos entre laboratorios estadounidenses.
Elaborar una guía consensuada sobre datos críticos y estándares de metadatos.
Reducir las barreras del análisis bioinformático y el intercambio de datos.
Mejorar la alineación de los requisitos de secuenciación y las necesidades de recursos con diferentes fuentes de financiación, tecnología, experiencia y otros medios de apoyo.

El consorcio SPHERES incluye 37 laboratorios de salud pública estatales y locales, varias corporaciones de diagnóstico clínico regionales y nacionales de gran envergadura, y líderes académicos y sin fines de lucro en las áreas de genómica de patógenos, bioinformática y salud pública de todo el país. Además, el consorcio alinea a laboratorios federales y agencias de salud pública con iniciativas internacionales de genómica, e involucra al sector privado en los esfuerzos para comprender mejor la genómica y los patrones de la transmisión del SARS-CoV-2 en todos los Estados Unidos.

Objetivos de SPHERES

El consorcio SPHERES tiene 8 objetivos principales:

Formar una red de laboratorios de secuenciación, capacidad de bioinformática y experiencia en la materia con la premisa de llevar adelante una iniciativa de secuenciación masiva y coordinada de salud pública.
Identificar y priorizar capacidades y necesidades de recursos en toda la red, y alinear diversas fuentes de financiación y apoyo federales, no gubernamentales y del sector privado con áreas de gran impacto y necesidad.
Mejorar la coordinación de la secuenciación genómica entre instituciones y jurisdicciones, y fomentar una mayor resiliencia en toda la red.
Defender los conceptos de apertura, análisis basado en estándares e intercambio rápido de datos en todos los Estados Unidos y a nivel mundial durante la respuesta a la pandemia del COVID-19.
Acelerar la generación e intercambio de datos, incluida la rápida liberación de datos de secuenciación viral de alta calidad de laboratorios clínicos y de salud pública para que sean incorporados a los repositorios del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI, por sus siglas en inglés) y a los de la Iniciativa Mundial de Intercambio de Datos sobre la Influenza (GISAID, por sus siglas en inglés) casi en tiempo real.
Proporcionar un foro común para que las instituciones públicas, privadas y académicas estadounidenses compartan protocolos, métodos, herramientas de bioinformática, estándares y mejores prácticas.
Establecer estándares coherentes de datos y metadatos, incluidos procesos simplificados de envíos de repositorios, criterios de priorización de muestras y un marco general para identificadores de casos únicos compartidos que respeten la privacidad.
Alinearse con otras redes nacionales de secuenciación y bioinformática, y apoyar las iniciativas internacionales para promover el uso de estándares y datos abiertos en la salud pública.

SPHERES es un consorcio de la salud pública y la comunidad científica estadounidenses que incluye:

Información adicional

Para solicitar más información acerca del consorcio SPHERES del SARS-CoV-2, incluido cómo formar parte, envíe un correo electrónico a la Oficina de Detección Molecular Avanzada de los CDC a oamd@cdc.gov.