Científicos revelan los detalles a nivel atómico de las interacciones entre proteínas

Los resultados abren las puertas a la comprensión de innumerables procesos biológicos como las infecciones virales o el funcionamiento del sistema inmune.

Redacción | 07/06/2017 16:13

Científicos de las universidades Libre de Berlín y Pompeu Fabra de Barcelona (UPF) han creado por primera vez una simulación computacional que describe la asociación y disociación de proteínas a nivel atómico. Los resultados, publicados en la revista científica Nature Chemistry, han sido validados con datos experimentales.

Hasta ahora, nadie ha podido observar con detalle atómico cómo se asocian las proteínas. El problema radica en que son extremadamente pequeñas, miden aproximadamente una milmillonésima parte de un metro, y sus estructuras fluctúan mucho, haciendo de éste un proceso invisible para los microscopios u otras técnicas experimentales.

Los grupos de investigación de Frank Noé y de Gianni De Fabritiis han colaborado para crear una simulación por ordenador de los detalles atómicos de las interacciones entre las proteínas. El desafío principal al que se han enfrentado es la gran dificultad para simular la dinámica de las moléculas.

La simulación en dinámicas moleculares de asociación de proteínas se creía imposible de realizar a nivel computacional debido a los tiempos necesarios para tomar muestras del proceso bioquímico: aún utilizando un superordenador, se calcula que el proceso habría requerido 10.000 años para completarse. Los investigadores, sin embargo, han logrado finalizar su estudio en un año. “Este es el tipo de proyecto de alto riesgo para el que es muy difícil obtener financiación, porque al empezarlo, nadie creería que fuera posible”, comenta Noé.

La clave del éxito del equipo ha sido la combinación de varias nuevas tecnologías que les han permitido adoptar la estrategia “divide y vencerás”. Los científicos usaron la red Gpugrid, desarrollada por el grupo de De Fabritiis, para almacenar el tiempo de computación en unidades de procesamiento gráfico (GPU) de la empresa Nvidia de voluntarios de todo el mundo. Miles de simulaciones cortas se llevaron a cabo de esta manera, coordinadas por un innovador algoritmo de aprendizaje que ha permitido simular el proceso de asociación global de proteínas en un año en lugar de tener que esperar 10.000. El modelo de Markov planteado por el equipo de Noé fue utilizado para combinar las simulaciones en un modelo dinámico general que describe minuciosamente la asociación y disociación de proteínas.

“Esta ha sido claramente una prueba de concepto arriesgada pero importante, y estamos muy contentos de haber demostrado que las simulaciones son capaces de captar asociaciones entre proteínas”, comenta De Fabritiis, jefe del grupo de Biofísica Computacional del Programa de Investigación en Informática Biomédica (GRIB), programa conjunto de la Universidad Pompeu Fabra y el Instituto Hospital del Mar de Investigaciones Médicas (IMIM).

Nuria Plattner, autora principal del estudio, explica la utilidad de los resultados: “Nuestras simulaciones revelan muchos detalles hasta el momento desconocidos sobre cómo las proteínas se encuentran y se unen entre sí. Además, hemos demostrado que es posible estudiar las interacciones proteína-proteína en el nivel de los átomos”. Este logro abre las puertas a la comprensión de muchos procesos biológicos, como los detalles de las infecciones virales, el funcionamiento interno del sistema inmunológico y muchos otros problemas de relevancia biomédica o biotecnológica.